２００９年９月現在、全国の入国管理センターに１５０名以上の難民申請者が収容されています。法務省は、難民申請者の陳述書を翻訳がないからとして受け付けないなど、およそ認定機関の体をなさない貧困な難民制度を強要する一方で、国連高等難民弁務官事務所（ＵＮＨＣＲ）の「庇護希望者の拘禁は例外的措置にとどめるべき」との勧告や国会での２００４年の付帯決議に反して、懲罰的、報復的収容あるいは難民としての立証を妨害するための収容を続けています。
また退去強制取り消しの裁判を起している被収容者については、劣悪な収容施設での収容が長期化し、拘禁症状が現れ、心身ともに悪化しています。

家族の結合と保護は万人の権利です。人権規約でも「家族の結合権」は保障されています。しかし、真摯な結婚であるにもかかわらず、入国管理局は、保護すべき価値を否定し、「偽装結婚」として、多くの外国人配偶者を長期に収容されています。

西日本入国管理センターには、内科医１名のみが勤務しています。収容が３ヶ月を過ぎると多くの方が心身の疼痛を訴えています。その中には内科医のみでは対応できない「病気」の方もいます。
収容が３ヶ月を過ぎると多くの方が心身の疼痛を訴えています。その中には高血圧症、胆石、子宮障害、脂肪種等の持病をもつ方がおり、収容所では適切な治療が受けられません。また足や腰に痛みのある方は入国管理センターの畳の部屋での行動が苦痛を伴っています。